Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,128,813 | Δ2 bp | coding (142‑143/1161 nt) | metB → | O‑succinylhomoserine(thiol)‑lyase/O‑ succinylhomoserine lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,128,811 | 0 | C | . | 97.7% | 436.1 / 2.8 | 85 | coding (140/1161 nt) | metB | O‑succinylhomoserine(thiol)‑lyase/O‑ succinylhomoserine lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (38/45); total (39/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 4,128,812 | 0 | G | . | 98.8% | 446.4 / ‑2.6 | 84 | coding (141/1161 nt) | metB | O‑succinylhomoserine(thiol)‑lyase/O‑ succinylhomoserine lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base . (38/45); total (38/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCTGTCGGCGTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAACTGGTACTGGTAGAAA > NC_000913/4128512‑4129104 || aCCTGTCGGCGTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTTGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACtc < 2:724630/300‑1 (MQ=255) aCCTGTCGGCGTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACtc < 1:565054/300‑1 (MQ=255) ccTGTCGGCGTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATTAACCGCGCGCGTATGATTACtcg > 2:207492/1‑300 (MQ=255) aTAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAAccc < 1:261703/300‑1 (MQ=255) gCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTATCTGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCACAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCACcgc > 1:264307/1‑300 (MQ=255) aaCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CANAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTc < 1:481104/300‑1 (MQ=255) aaCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTc < 1:719858/300‑1 (MQ=255) 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tataCGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGGGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAggt < 2:205501/300‑1 (MQ=255) gCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGtggtgc < 1:107931/300‑1 (MQ=255) aaaGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGtggtgctg < 1:236207/300‑1 (MQ=255) agaagTTTAGATGGCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCGGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGtggtgctggt < 2:394863/300‑1 (MQ=255) gaagTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGtggtgctggtg < 1:244347/300‑1 (MQ=255) aagTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGA‑CAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGtggtgctggtgc < 1:62923/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |