| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 480,295 | 2 bp→AA | coding (13‑14/219 nt) | hha ← | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 480,295 | 0 | G | A | 100.0% | 559.4 / NA | 152 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (62/90); total (62/90) | |||||||||||
| * | NC_000913 | 480,296 | 0 | G | A | 99.3% | 551.3 / NA | 152 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (61/90); total (62/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGTTGATC > NC_000913/480010‑480580 || tAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAANATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTNATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACtt > 2:573904/1‑300 (MQ=255) tAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGANCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACtt < 1:570853/300‑1 (MQ=255) gggTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAGCACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACttgt > 2:435914/1‑298 (MQ=255) gggTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCt > 1:104807/1‑300 (MQ=255) 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cGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCaa > 1:73043/1‑300 (MQ=255) ataatCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGNAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGt < 1:599793/300‑1 (MQ=255) ataatCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGt < 1:360585/300‑1 (MQ=255) 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ACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGTTGATC > NC_000913/480010‑480580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |