Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,584,092 | 0 | G | A | 99.3% | 526.0 / NA | 150 | intergenic (‑133/+115) | safA/ydeP | two‑component system connector SafA/putative oxidoreductase YdeP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (77/72); total (78/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GATCTCTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGCTGCGCTTACCG > NC_000913/1583797‑1584387 | aTCTCTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTATTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCACATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAATTtat > 1:814483/1‑300 (MQ=255) 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tCTTACAGCTGTAGGCAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTAACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATgcggcg > 1:310112/1‑300 (MQ=255) ttACAGCTGTAGGCAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGAAAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTNTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTg > 2:181755/1‑300 (MQ=255) cAGCTGTAGGCAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGc < 1:116264/300‑1 (MQ=255) aGGCAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGCTGCGCtt < 1:750691/300‑1 (MQ=255) ggCAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATACCACTTAATGGATCGCGGTTATCACGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAGATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGCTgcgccta > 2:230128/1‑297 (MQ=255) cAGAAATTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGANGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTNATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGCTGCGCTTAcc < 2:641085/300‑1 (MQ=255) | GATCTCTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTGAGCGGTCAGCCATAGGGTAAATGACCACTTTTAATCTATCCATGCGGCGTGAGCTGCGCTTACCG > NC_000913/1583797‑1584387 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |