Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,441 | 2 bp→AG | coding (708‑709/1287 nt) | thrC → | threonine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,441 | 0 | G | A | 98.4% | 198.9 / NA | 61 | E236E (GAG→GAA) | thrC | threonine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (25/35); total (25/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 4,442 | 0 | A | G | 96.7% | 195.0 / NA | 61 | T237A (ACG→GCG) | thrC | threonine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (25/33); total (25/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAACTGAAAGTGGCGCTAGGGTTAAACTCGGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCTGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAGACGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACGTTATCCAACGCGATGGACGTGAGTCAGCCGAACAACTGGCCGCGTGTGGAAGAGTTGTTCCGCCGCAAAATCTGGCAACTGAAAGAGCTGGGTTATGCAGCCGTGGAT > NC_000913/4151‑4729 || gCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAAc > 1:811763/1‑300 (MQ=255) gTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCGCTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCANCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGNAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGGTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAg > 2:692245/1‑300 (MQ=255) ggCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCt > 1:74668/1‑300 (MQ=255) tttCTACGGTGTACTGAATTTGAAAGTGGTTATTCTCTATCCACGAGGCAAAGTCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAATTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATTAAGAGCTGAGAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAGGCGCGCAACCAGCTGGTTGtctc < 2:8162/300‑1 (MQ=255) cttttactgTTTACCGAAGGGGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTATTCTGTACATTGGGCGGCAATATAGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGGTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAACGCGCAACCAGCTGGTTGtctc < 2:10136/292‑1 (MQ=255) ttCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCg > 2:531725/1‑300 (MQ=255) ttCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCACCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCg > 2:92591/1‑300 (MQ=255) ggTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGcaa > 1:429520/1‑298 (MQ=255) ggTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTAGGTGCCa > 1:661320/1‑300 (MQ=255) tGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTAGGCGact > 2:312642/1‑298 (MQ=255) gTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTg > 1:193813/1‑300 (MQ=255) ctATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCggg > 1:823545/1‑300 (MQ=255) aTCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTNAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTc < 1:642745/300‑1 (MQ=255) 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aaTCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGTGCTGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTGCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATTAAGAGCTGAAAGCGGCGCTTGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATGAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAggg < 2:821537/300‑3 (MQ=255) cACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTc < 1:692266/300‑1 (MQ=255) aaCTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTc < 1:162851/299‑1 (MQ=255) 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tGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTAtt < 1:379911/300‑1 (MQ=255) cATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATtgctg < 1:485615/300‑1 (MQ=255) atCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTTTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGGGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTTAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTGTATTGCTGCGACCAACGGGAAc < 2:528830/300‑1 (MQ=255) aaCTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATAc < 1:306669/300‑1 (MQ=255) aaCTGTTGCCAGTGACGGCGATTCCGGTACCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGAGGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGTGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGGGAACGATAc < 2:25069/300‑1 (MQ=255) gTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTg > 2:352105/1‑300 (MQ=255) ttaccATTGACGGCAATTTCGATGCCGGTCATGCGCTGGTTAAGCAGGTGTTTGAGGACTAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAAATTTGCTGCTACTTTTAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCACGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTGTTATTGCGGCGACCAACGGGAACGATACCGTGc < 2:111220/297‑1 (MQ=255) ttGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCGGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCNGTTTGCTTGCGCAGATTTGCTACTACTTTTAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGNAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGGGAACGATACCGTGc < 2:698074/300‑1 (MQ=255) ccattgatatcGATTTCGATACCTGTCGGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATAATGAAGAACTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTCACATCAGCCGTTTGCTTGCGCAGATTTGCTACTACTTTTAATCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGTGCGCAACCAACTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGTTGAAACGTGTTATTGCTGCGACCAACGGGAACGATACCGTGCCAc < 2:187752/290‑1 (MQ=255) ccTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCNGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTNCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGt > 2:701514/1‑300 (MQ=255) cTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTg > 1:853792/1‑300 (MQ=255) tttCAGGCGCTGGTTAAGTAGGCGTTTGGTGATGAAGAGCTGAAAGCGGCGCTGAGGTTAAACTCAACTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGTTGTCGCAGATTTGCTACTACTTTTGAGCAGTTGCACAACTGCCGCAGGAATTGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTAGTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTgg < 2:11219/298‑1 (MQ=255) 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GCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAACTGAAAGTGGCGCTAGGGTTAAACTCGGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCTGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAGACGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACGTTATCCAACGCGATGGACGTGAGTCAGCCGAACAACTGGCCGCGTGTGGAAGAGTTGTTCCGCCGCAAAATCTGGCAACTGAAAGAGCTGGGTTATGCAGCCGTGGAT > NC_000913/4151‑4729 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |