| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,540,114 | 0 | A | T | 99.2% | 405.0 / NA | 120 | intergenic (‑613/‑843) | nanC/fimB | N‑acetylneuraminate outer membrane channel/Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (56/63); minor base G (0/1); total (56/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CTTTCAGACTGAAGTGCGTTTTCATCACCCGATGAGAAAGAACTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATGGCTGTGATTGAGGAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATG > NC_000913/4539823‑4540398 | cTTTCAGACTGAAGTGCGTTTTCATCACCCGATGAGAAAGAACTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCTAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCAAAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTa > 1:322980/1‑300 (MQ=255) 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ttAACTATTTCTTTTATAAATAATTTGTTGAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGGGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATGGCTGTGATTGAGGAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTAcc < 2:473847/300‑1 (MQ=255) aaCTATTCGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCACGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTCGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTCGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATGGCTGTGATTGAGGAAGGTCTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCac > 2:457627/1‑299 (MQ=255) ttttATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGTAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATGGCTGTGATTGAGGAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAg < 1:447248/300‑1 (MQ=255) | CTTTCAGACTGAAGTGCGTTTTCATCACCCGATGAGAAAGAACTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATGGCTGTGATTGAGGAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATG > NC_000913/4539823‑4540398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |