Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,516,378 | G→A | N100N (AAC→AAT) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,516,378 | 0 | G | A | 98.6% | 239.4 / NA | 71 | N100N (AAC→AAT) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (43/27); minor base C (1/0); total (44/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTCCATCAGGACGGTCGAGCGGCTGGCGAGGCGCGGGTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTGTTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCTCAGGCGAATGGTGTTAACCAAAGGTGTTGTTTTACGAAAAAC > NC_000913/4516083‑4516662 | cGTCCATCAGGACGGTCGAGCGGCTGGTGAGGCGCGGGTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCtattat < 1:470247/300‑1 (MQ=255) cATCAGGACGGTCGAGCGGCTGGTGAGGCGCGGGTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTcc > 1:560102/1‑300 (MQ=255) ggTCGAGCGGCTGGTGAGGCGCGGGTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGttt > 1:152393/1‑300 (MQ=255) gTCGAGCGGCTGGTGAGGCGCGGGTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGtttt > 1:365653/1‑300 (MQ=255) 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ggTTCAGGCCCCGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCca > 1:826702/1‑300 (MQ=255) ccctgcgagatgtgtataagagacagggTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAgttg < 2:547958/274‑1 (MQ=255) ccGGATGCCAAAGTTCATCGCCAGGGCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTTCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATAGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGttgttg < 2:322137/300‑1 (MQ=255) 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tCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTAACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCAAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACC‑AGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTACCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGAagtc > 2:256442/1‑300 (MQ=255) cGCCATGTCTTGGCTGCCGGTGCCGTTGTGTTCCGGCGCGCTGACGCCATGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTGGCGCCGGTTTTGTCGAAATCCTCACTGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGAcgtc < 2:400617/300‑1 (MQ=255) ggTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAgttgctgtctcttatacacatctccgagcc > 1:559220/1‑274 (MQ=255) 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cGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCNGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGANCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTCATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAAcc > 2:608386/1‑300 (MQ=255) cGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAAcc > 1:131092/1‑300 (MQ=255) gTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCga > 1:319586/1‑300 (MQ=255) gTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGAAGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCga > 2:836932/1‑300 (MQ=255) tAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGTGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCAAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACACAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCCGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCgaga > 2:254781/1‑300 (MQ=255) tAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCgaga > 1:326236/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |