| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,514,983 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,514,983 | 0 | A | C | 99.0% | 351.1 / NA | 98 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (47/50); total (48/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGC > NC_000913/4514689‑4515278 | gaATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACAtt > 1:783473/1‑300 (MQ=255) aaTGGTACCGGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTg < 2:477261/300‑1 (MQ=255) gTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCCCGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGc > 2:352870/1‑300 (MQ=255) gTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCCGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGc > 1:485510/1‑300 (MQ=255) 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gTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGNAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCNTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGc > 2:589371/1‑300 (MQ=255) gTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGNGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGc < 2:195602/300‑1 (MQ=255) gTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGc > 1:521950/1‑300 (MQ=255) gTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCACCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTCAGGGc > 2:822590/1‑300 (MQ=255) | GAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGC > NC_000913/4514689‑4515278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |