| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,238,232 | C→T | P200L (CCT→CTT) | yjbH → | putative lipoprotein YjbH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,238,232 | 0 | C | T | 98.9% | 324.9 / NA | 93 | P200L (CCT→CTT) | yjbH | putative lipoprotein YjbH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (53/39); minor base G (0/1); total (53/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTATCGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAACGTGGCAACACCTTTATGTTTGGCGTTACGTTGCGCACCAACTTTAACGATCTGCGCCCGTCTTACAACGATAACGCCCGCCCGCAATATCAACCGCAGCCGCAGGATGCCATT > NC_000913/4237937‑4238527 | tataAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTATCGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCTTGcc < 1:765346/300‑1 (MQ=255) 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gggCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTATCGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCTTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCATGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATCATCAGCAGGATTTTGCAggg > 2:230526/1‑300 (MQ=255) gggCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTATCGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCTTGCCTCACTGTTTGGCGACGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCACTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCggg > 2:526228/1‑300 (MQ=255) gggCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTNACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTATCGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCTTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCNCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCggg > 2:814688/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |