| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,112,209 | C→T | D449D (GAC→GAT) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,112,209 | 0 | C | T | 99.4% | 555.3 / ‑6.1 | 165 | D449D (GAC→GAT) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (84/80); total (84/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
CGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGA > NC_000913/1111918‑1112496 | gTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGAAg > 1:398286/1‑300 (MQ=255) 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ggTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGTGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAANTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATNACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGc < 2:593534/300‑1 (MQ=255) tGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCTGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAg < 1:814339/300‑1 (MQ=255) gtcTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGTGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTTTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGtt < 1:190167/298‑1 (MQ=255) 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aaTCCTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTTTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGAc < 1:327075/300‑1 (MQ=255) aTCCTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACAGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTTTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGAcc < 1:757384/300‑1 (MQ=255) ccTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTTTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGa > 1:525898/1‑300 (MQ=255) | CGGTGATTGTTTGTGCGGGCTGGTGCGCCTGATGGAAGCCAACCCGAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACCGTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATGCGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTTATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCACGGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGA > NC_000913/1111918‑1112496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |