| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 48,033 | T→G | C89G (TGT→GGT) | kefC → | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,033 | 0 | T | G | 98.6% | 247.8 / NA | 71 | C89G (TGT→GGT) | kefC | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (43/27); minor base A (1/0); total (44/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGGCAGGAGGCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTT > NC_000913/47751‑48325 | aaTGGCAGGATGCCCATCATGGATAGCCATGCGCTGATTCGGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATg < 2:76469/300‑1 (MQ=255)aaTGGCAGGAGGCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATg < 1:658841/300‑1 (MQ=255) tGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTAGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCctgc > 1:523576/1‑300 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCctgctg < 1:488575/300‑1 (MQ=255) tAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTggg > 1:550720/1‑300 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTNGGTTCGGGAGCGCTGATTGTAACCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCAGTGNGGGCTGCGACCGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTCTCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTAGAAGCTGCGTGTGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCCTTGCAGCTGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGc > 2:635230/1‑300 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATTGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGc > 2:359541/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |