| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 17,219 | G→T | intergenic (+209/‑270) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 17,219 | 0 | G | T | 99.3% | 505.8 / NA | 144 | intergenic (+209/‑270) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (82/61); total (82/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAG‑CCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCA‑TTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATT > NC_000913/16927‑17508 | ggTCAGTAATAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGATAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTTAGACAGATAG‑CCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCA‑TTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACa < 2:43689/300‑1 (MQ=255) 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attattGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAgaga > 1:716977/1‑300 (MQ=255) gATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATc < 2:470127/300‑1 (MQ=255) gAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTNGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCATCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGAtt < 2:752946/300‑1 (MQ=255) | GGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGATGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAG‑CCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCA‑TTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATT > NC_000913/16927‑17508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |