New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1287131 | 68 (0.610) | 7 (0.060) | 6/584 | 9.1 | 8.7% | noncoding (106/171 nt) coding (46/90 nt) |
rttR tpr |
small RNA RttR protamine‑like protein |
? | NC_000913 | 1287429 = | 81 (0.750) | intergenic (‑101/+109) | tyrV/tyrT | tRNA‑Tyr/tRNA‑Tyr | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTAAAGTGTTACGTTGAGAAAAAT > NC_000913/1287130‑1287719 | cGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGt > 2:553180/1‑300 (MQ=255) tctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTTGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCGTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTtctct < 2:735391/300‑1 (MQ=255) ctcgatgcGAACCTTGGTCGCAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAGTATTCAATTGCGGATTCGTTTGTAAGTCCATTTACTTTTGAAATTGATGGTAGTGTTTCAAGCATTCAAACCTTCTAAGTCGATGACGGTAGAGTTACGGTCTACTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAAACCCACAAGGGGTGATTCAAATTTGGAGGTAAGGAGTGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCtc < 2:21267/293‑1 (MQ=255) ggTCGCAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCCCATTTTGGGGTAGTGTTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCTGGCCGTTGCCTGCGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCttcgt > 2:376586/1‑297 (MQ=38) 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gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACATTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGt > 1:865227/1‑300 (MQ=255) atatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCCCCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACt > 1:193082/1‑300 (MQ=255) gTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTG‑GCCGCTCGGGAACCCCACCAAGGGTAATTCCCTTTTCGCGGCCGTGCCCGAGATAGTGATGGGGGAAGAATTATCCATCACTCCGCTCCTCCCCCTTCGGGTCGTTGCCTGTGACCACGTTCTCTCGCTCTCTCTCGCATCTAACATTATTCGAAGATTCTAACCCTTCCACGGGGAGTGCAAACCTCCCCACTCTCACCGAAg > 1:416915/1‑300 (MQ=12) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |