New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 780918 | 110 (0.990) | 5 (0.060) | 4/446 | 8.6 | 5.3% | noncoding (76/76 nt) | lysW | tRNA‑Lys |
? | NC_000913 | 781653 = | 96 (1.160) | intergenic (+1/‑432) | lysQ/nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCA‑‑GCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 | cGACTCACCAATCGCTAAGTTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAATGATGACGTTGTATGAGCAACGGCCCGAAAGGCGAAACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCATAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:184882/300‑1 (MQ=21) cGACTCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 1:414679/300‑1 (MQ=255) cGACTCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCAGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGNATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACTACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTNGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:808115/300‑1 (MQ=255) gactcaccaAGCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTTAATGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTAGAGGCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGGAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCGGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGATGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:563223/296‑1 (MQ=18) 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cGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCACGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTAAAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCCGT‑TTTAACATca > 1:6309/1‑299 (MQ=255) aaGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGAc < 1:202224/300‑1 (MQ=255) ggTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATcaaactca > 1:876489/1‑293 (MQ=255) 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tGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGACGACGGCC‑GCTAAGCGTGCAGGCTACCGTTGTGTCAGCACCGGCCCGTAGGGCGCG‑CGCCG‑CGCGTCCTCCTGCACGAACCACCAATCGCAACTGTAGACTCAGTTACGGCAGTTTATATTCCCTC‑‑GCTCAGCATCGTGTTACCCACTCAGATGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTAATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCt > 2:513787/1‑300 (MQ=9) tGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCCTCCCGCACGAACCACCACTCATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTCGCTTGTAGTGTCCA‑‑GCGCCGTATTGGGTGATTAGCTCAACTTGGAGAACACCTCCCTCAAACTGAGGGGGTCAGCGGTTCGCTCCTGTCATCAACCCCCACTcaaatagttagct > 1:515238/1‑288 (MQ=18) ggTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCA‑‑GCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTc < 1:444831/300‑1 (MQ=255) 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CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCT‑CCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAG‑CTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCA‑‑GCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |