| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,578,358 | +A | coding (20/2280 nt) | maeB ← | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating) (NADP(+)) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,578,358 | 1 | . | A | 83.9% | 328.2 / 70.5 | 112 | coding (20/2280 nt) | maeB | malate dehydrogenase (oxaloacetate‑decarboxylating) (NADP(+)) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/13); new base A (51/43); total (56/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTTGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTT‑GTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAGTGTGTGGGCAACAGCCCCTGCCCACAACGTGGCGCACATTATTACCCTGCCGGAGTCTACAGACTTTGAGCAAGTCCAAACTCTCACCATTAATATAATGTTTTGGTAATAATCCTATAACACTGATGTTACCTGCTTAATCCAGCAATACCATGCCTGTCTGCTATGCTTTTTTGATGCGTTTAGCGAAATTTCTCAGAAGTGTGAATTAACGCACTCATCTAACACTTTAC > NC_000913/2578067‑2578646 | aTCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTGGCCGTCCATTACCGGTGTGCCTGCCAGCGCGCCAATATTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGTGCGGTANATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGGGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTT‑GTTTTAAc < 2:201829/300‑1 (MQ=255) tCCCGGNGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTTGCCTGNCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAAc < 2:710689/300‑1 (MQ=255) tAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTTGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTT‑GTTTTAACTGGTCATCCATTTGgt < 1:164985/300‑1 (MQ=255) cccTTGCCTTCCATCACCGGTTTGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCTCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTT‑GTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCa > 1:507979/1‑300 (MQ=255) ttCCATCACCGGTTTGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACg > 1:549576/1‑300 (MQ=255) ttGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAg < 1:206645/300‑1 (MQ=255) ttGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAg < 2:407941/300‑1 (MQ=255) 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ggATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTGGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAGTGTGTGGGCAACAGCCCCTGCCCACAACGTGGCGCACATTATTACCCTGCCGGAGTCTACAGACTTTGAGCAAGTCCAAACTCTCACCATTAATATAATGTTTTGGTAATAATCCTATAACACTGATGTTACCTGCTTAATCCAGCAATACCATGCCTGTCTGCTATGCTTTTTTGATGCGTTTAGCGAAATTTCTCAg < 2:47374/300‑1 (MQ=255) ttCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAGTGTGTGGGCAACAGCCCCTGCCCACAACGTGGCGCACATTATTACCCTGCCGGAGTCTACAGACTTTGAGCAAGTCCAAACTCTCACCATTAATATAATGTTTTGGTAATAATCCTATAACACTGATGTTACCTGCTTAATCCAGCAATACCATGCCTGTCTGCTATGCTTTTTTGATGCGTTTAGCGAAATTTCTCAGAAgtg > 1:549777/1‑300 (MQ=255) gaaATTCATGGAAATCAAGGGCACTTTAGTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAGTGTGTGGGCAACAGCCCCTGCCCACAACGTGGCGCACATTATTACCCTGCCGGAGTCTACAGACTTTGAGCAAGTCCAAACTCTCACCATTAATATAATGTTTTGGTAATAATCCTATAACACTGATGTTACCTGCTTAATCCAGCAATACCATGCCTGTCTGCTATGCTTTTTTGATGCGTTTAGCGAAATTTCTCAGAAGTGTGAATTAACGCAc < 2:539037/300‑1 (MQ=255) 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ATCCCGGCGAATTTCTTAAACAGAACGCCCTTGCCTTCCATCACCGGTTTGCCTGCCAGCGCGCCAATGTTGCCTAACCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCCAGAGGCTTGGTTGGAGAAACCTGGATTTTCCCTGGAACTGGAAATTCATGGAAATCAAGTGCACTTT‑GTTTTAACTGGTCATCCATTTGGTTGTTCCTTTCACGTAACGTTCACAAATAAAGTGTGTGGGCAACAGCCCCTGCCCACAACGTGGCGCACATTATTACCCTGCCGGAGTCTACAGACTTTGAGCAAGTCCAAACTCTCACCATTAATATAATGTTTTGGTAATAATCCTATAACACTGATGTTACCTGCTTAATCCAGCAATACCATGCCTGTCTGCTATGCTTTTTTGATGCGTTTAGCGAAATTTCTCAGAAGTGTGAATTAACGCACTCATCTAACACTTTAC > NC_000913/2578067‑2578646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |