Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,550,008 | C→T | P870S (CCG→TCG) | fdnG → | formate dehydrogenase N subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,550,008 | 0 | C | T | 98.7% | 270.5 / NA | 74 | P870S (CCG→TCG) | fdnG | formate dehydrogenase N subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (43/30); total (44/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCTCAACCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAAAGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCACTTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGCATTAATAATGGCGATCGTGTCACTGTCTCCAGCAAGCGTGGCTTTATCCGCGCGGTGGCTGTGGTAACGCGTCGTCTGAAACCGCTGAATGTAAATGGTCAG > NC_000913/1549714‑1550295 | ccGCTCAACCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACTCGgtt > 1:990803/1‑300 (MQ=255) aCCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACTCGGTTGTTCGTc < 1:525574/300‑1 (MQ=255) tGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACTCGGTTGTTCGTCTGTATGAAc < 2:179839/300‑1 (MQ=255) tGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACTCGGTTGTTCGTCTGTATGAAc < 1:51672/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |