| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,772,372 | G→A | G31D (GGT→GAT) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,772,372 | 0 | G | A | 99.3% | 472.0 / ‑4.1 | 143 | G31D (GGT→GAT) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (75/67); total (76/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GTGATGAACGTCACGTCAATTACCTCTCTACCCCCTATATTTATGTGATTGATATCACACAAAAGGCCGTCGACTGGACAGTTAACCGATTCAGTGCCAGATTTCGCAGTATCTACAAGGTCCGGCTACCTCTGCCGCCACATTAACAAAAAACCTCGGGCTTCCAGCCTGCGCGACAGCAAACATAAGAAGGGGTGTTTTTATGTCATCCGATATTAAGATCAAAGTGCAAAGCTTTGGTCGTTTCCTCAGCAACATGGTGATGCCAAATATCGGCGCGTTTATCGCGTGGGGTATCATCACCGCGTTATTTATTCCAACAGGGTGGTTACCGAACGAGACGCTGGCGAAGCTGGTCGGGCCGATGATCACTTATCTCCTGCCGCTGCTGATCGGTTATACCGGTGGTAAGCTGGTAGGCGGCGAACGTGGCGGCGTAGTCGGTGCCATCACCACCATGGGCGTTATCGTCGGCGCAGACATGCCGATGTTCCTCGGTTCTATGATTGCAGGTCCGCTGGGCGGCTGGTGCATTAAGCACTTCGACCGCTGGGTAGACGGTAAGATCAAATCCGGTT > NC_000913/3772079‑3772656 | gtgATGAACGTCACGTCAATTACCTCTCTACCCCCTATATTTATGTGATTGATATCACACAAAAGGCCGTCGACTGGACAGTTAACCGATTCAGTGCCAGATTTCGCAGTATCTACAAGGTCCGGCTACCTCTGCCGCCACATTAACAAAAAACCTCGGGCTTCCAGCCTGCGCGACAGCAAACATAAGAAGGGGTGTTTTTATGTCATCCGATATTAAGATCAAAGTGCAAAGCTTTGGTCGTTTCCTCAGCAACATGGTGATGCCAAATATCGGCGCGTTTATCGCGTGGGATatcat < 2:200607/300‑1 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gCCAAATATCGGCGCGTTTATCGCGTGGGATATCATCACCGCGTTATTTATTCCAACAGGGTGGTTACCGAACGAGACGCTGGCGAAGCTGGTCGGGCCGATGATCACTTATCTCCTGCCGCTGCTGATCGGTTATACCGGTGGTAAGCTGGTAGGCGGCGAACGTGGCGGCGTAGTCGGTGCCATCACCACCATGGGCGTTATCGTCGGCGCAGACATGCCGATGTTCCTAGGTTCTATGATTGCAGGTCCGCTGGGCGGCTGGTGCATTAAGCATTTCGACCGCTGGATAGACGGTaa > 2:292362/1‑300 (MQ=255) cgTTTATCGCGTGGGATATCATCACCGCGTTATTTATTCCAACAGGGTGGTTACCGCACGAGACGCTGGCGAAGCTGGTCGGGCCGATGATCACTTATCTCCTGCCGCTGCTGATCGGTTATACCGGTGGTAAGCTGGTAGGCGGCGAACGTGGCGGCGTAGTCGGTGCCATCACCACCATGGGCGTTATCGTCGGCGCAGACATGCCGATGTTCCTCGGTTCTATGATTGCAGGTCCGCTGGGCGGCTGGTGCATTAAGCACTTCGACCGCTGGGTAGACGGTAAGATCAAATCCGGtt > 2:889504/1‑300 (MQ=255) cgTTTATCGCGTGGGATATCATCACCGCGTTATTTATTCCAACAGGGTGGTTACCGAACGAGACGCTGGCGAAGCTGGTCGGGCCGATGATCACTTATCTCCTGCCGCTGCTGATCGGTTATACCGGTGGTAAGCTGGTAGGCGGCGAACGTGGCGGCGTAGTCGGTGCCATCACCACCATGGGCGTTATCGTCGGCGCAGACATGCCGATGTTCCTCGGTTCTATGATTGCAGGTCCGCTGGGCGGCTGGTGCATTAAGCACTTCGACCGCTGGGTAGACGGTCAGATCAAATCCGGtt > 1:657613/1‑300 (MQ=255) | GTGATGAACGTCACGTCAATTACCTCTCTACCCCCTATATTTATGTGATTGATATCACACAAAAGGCCGTCGACTGGACAGTTAACCGATTCAGTGCCAGATTTCGCAGTATCTACAAGGTCCGGCTACCTCTGCCGCCACATTAACAAAAAACCTCGGGCTTCCAGCCTGCGCGACAGCAAACATAAGAAGGGGTGTTTTTATGTCATCCGATATTAAGATCAAAGTGCAAAGCTTTGGTCGTTTCCTCAGCAACATGGTGATGCCAAATATCGGCGCGTTTATCGCGTGGGGTATCATCACCGCGTTATTTATTCCAACAGGGTGGTTACCGAACGAGACGCTGGCGAAGCTGGTCGGGCCGATGATCACTTATCTCCTGCCGCTGCTGATCGGTTATACCGGTGGTAAGCTGGTAGGCGGCGAACGTGGCGGCGTAGTCGGTGCCATCACCACCATGGGCGTTATCGTCGGCGCAGACATGCCGATGTTCCTCGGTTCTATGATTGCAGGTCCGCTGGGCGGCTGGTGCATTAAGCACTTCGACCGCTGGGTAGACGGTAAGATCAAATCCGGTT > NC_000913/3772079‑3772656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |