| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,982,537 | C→T | G241D (GGT→GAT) | kduD ← | putative 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,982,537 | 0 | C | T | 99.2% | 475.5 / NA | 132 | G241D (GGT→GAT) | kduD | putative 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (48/83); minor base G (0/1); total (48/84) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
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cACGGCAATGGTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGTCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGagag < 1:526956/300‑1 (MQ=255) tGGTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCNTCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTNGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAGAGCATTGAcg > 2:656173/1‑300 (MQ=255) tGGTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAGAGCATTGAcg < 1:426814/300‑1 (MQ=255) tGGTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTACGCGCTAAGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTACAATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCAGCTTATTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAAAGCATTGAcg > 2:944389/1‑300 (MQ=255) ggTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAGAGCATTGAcgc > 1:175732/1‑300 (MQ=255) gTATAATCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAGAGCATTGAcgcg > 1:858465/1‑300 (MQ=255) | GTGTCAGGTCGGAAACAGCATAAATATGGATTAAATTGCTGCGACATGTCGTTATGTGATGGATATTCCAATTTTCAAATTAAGTTGAATTATTGAGATTATTATTAACCACCTAATTTTACAGCAGATAAAATTCATAAAGTTCATTAATTGATAATTAATATGGATTATTTCATAACCATGATATGGATTATGATGATCTACAGGTATAAAAAACCCTGCCATGCGGCAGGGTCATAAAAGTAAGAAGAATGAATTAACGCGCCAGCCAACCGCCATCCACGGCAATGGTATAACCATTCACATAATCTGAAGCGCTGGAGGCAAGGAACACTATCGGCCCCATCAGGTCACTCGGCAGTCCCCAACGACCAGCTGGAATGCGGTCGAGAATTTCCGCGCTACGTTGTTCATCTGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAATGTTGTGTTTAGCCCATTCGTTCGCCATCAATCGCGTCACACCCATCACGCCGCTTTTTGATGCGGTATAAGAAGGCACACGGATCCCGCCCTGGAAGGAGAGCATTGACGCG > NC_000913/2982241‑2982830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |