Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,850,416 | C→T | S7N (AGC→AAC) | hycA ← | regulator of the transcriptional regulator FhlA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,850,416 | 0 | C | T | 98.7% | 566.8 / ‑4.9 | 157 | S7N (AGC→AAC) | hycA | regulator of the transcriptional regulator FhlA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (91/63); minor base G (0/2); total (92/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GCCATCAATCATGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCACTGGAATTGATCGAACAGCAGGCCGCAAAACAC > NC_000913/2850121‑2850709 | gCCATCAATCATGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCGCTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTAt > 2:934719/1‑300 (MQ=255) cATCAATCATGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTAttt < 2:48521/300‑1 (MQ=255) atcaatcaTGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCTACTTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTc < 2:200590/300‑1 (MQ=255) caatcaTGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTccc > 1:861052/1‑300 (MQ=255) ccGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTc < 1:461527/300‑1 (MQ=255) gTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCAAAATAGTCAt > 2:487689/1‑300 (MQ=255) tCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCAtc > 2:17716/1‑299 (MQ=255) gCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAg > 1:465884/1‑300 (MQ=255) cTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACTTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAgg < 2:427189/300‑1 (MQ=255) tCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGt < 1:56570/300‑1 (MQ=255) 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gTAATCGGCTTTCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCACTGGAATTGATCGAACAGCAGGc > 2:579924/1‑300 (MQ=255) ttCTCGTTTATTTCCCAGATAGTCATTTTCAGGTTACCCGTTTAACATAGATGCCAGCTTGAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGTAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCACTGGAATTGATCGAACAGCAGGCCGCAAAacac < 2:88356/300‑1 (MQ=255) ttCTCGTTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCACTGGAATTGATCGAACAGCAGGCCGCAAAacac < 2:180896/300‑1 (MQ=255) | GCCATCAATCATGCCGTCAATGCTCAGTTGCGCCTGCGCAATCCGCTGTTTGTCTTCGCCATCTTTTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATGTTCAAAAAGGACGAAACAGAGTTCTTTGTCCGGCGCGCAGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAGGCGATATGCACGAAATAACCCTCTGCCAACGGGCACTGGAATTGATCGAACAGCAGGCCGCAAAACAC > NC_000913/2850121‑2850709 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |