| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,840,190 | C→T | P223S (CCG→TCG) | ascF → | beta‑glucoside specific PTS enzyme IIBC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,840,190 | 0 | C | T | 99.1% | 385.2 / NA | 112 | P223S (CCG→TCG) | ascF | beta‑glucoside specific PTS enzyme IIBC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (38/73); minor base G (0/1); total (38/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGACC > NC_000913/2839895‑2840483 | aTCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCTCGgc < 1:431769/300‑1 (MQ=255) 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cTGACANAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTNTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGAc < 2:825944/300‑1 (MQ=255) tGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGTTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACa < 1:108833/300‑1 (MQ=255) gACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAg > 1:451218/1‑300 (MQ=255) 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gAAATACACCTACACGGTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCATGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGACATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGcc > 1:798984/1‑300 (MQ=255) aaaTACACCTACACGGTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCa > 1:840345/1‑300 (MQ=255) gTGATCTCGGTGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTTAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCNTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGAcc < 2:228912/300‑1 (MQ=255) gTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGTACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGAcc < 1:544829/300‑1 (MQ=255) gTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGAcc < 1:650439/300‑1 (MQ=255) gTGATCTCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTGGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCTCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGAcc < 1:189721/300‑1 (MQ=255) | ATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCAGGGTGAACATGTCGAATTTGCCCTGATTCCGGTCACCGCGGTGAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTACGCCAACCATCATTCAGACC > NC_000913/2839895‑2840483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |