| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,605,181 | G→A | G124D (GGC→GAC) | hyfD → | hydrogenase 4 component D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,605,181 | 0 | G | A | 98.3% | 394.0 / NA | 115 | G124D (GGC→GAC) | hyfD | hydrogenase 4 component D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (51/62); minor base C (2/0); total (53/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTATGGCGGCATCCTGTTTGCCGCGTGGGGGAAA > NC_000913/2604886‑2605470 | cGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGAcgcg < 1:177331/300‑1 (MQ=255) aaTGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGAc < 1:620111/300‑1 (MQ=255) ggggTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGACTGGTa > 1:329083/1‑300 (MQ=255) gggTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGACTGGTAc < 1:866403/300‑1 (MQ=255) 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aaTCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTATggcggc > 1:410230/1‑300 (MQ=255) aaTCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTATggcggc > 2:609393/1‑300 (MQ=255) tattaCGCATTTTTATTGGTGTTTATCGACGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTATGGCGGCATCCTg < 2:544545/300‑1 (MQ=255) 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CGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGGGTTATCTGACGGATAAAAATCGCGAACACCCGCATAACGGCACGAATCGTTATTACGCATTTTTACTGGTGTTTATCGGCGCGATGGCGGGACTGGTACTCTCCTCGACGCTGCTCGGTCAGTTGTTGTTTTTTGAAATTACAGGCGGCTGCTCCTGGGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTATGGCGGCATCCTGTTTGCCGCGTGGGGGAAA > NC_000913/2604886‑2605470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |