| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,501,547 | C→T | L140F (CTC→TTC) | ypdC → | putative AraC‑type DNA‑binding transcriptional regulator YpdC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,501,547 | 0 | C | T | 98.8% | 318.7 / NA | 86 | L140F (CTC→TTC) | ypdC | putative AraC‑type DNA‑binding transcriptional regulator YpdC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (48/37); minor base G (0/1); total (48/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCGCGGCGAATACGGCAATCTGCTGGAAGCAAAGCAGCAACGTTTGGTGGAAGGAGAAATGCTGTTTATTCCGGCGCGCGCGGCTAATTTACCGGTCAACAACAAACCGGTGATGCTGTTAAGCCTGGTGTTCGCTCCGACCTGGCTTGGGTTATCGTTTTACGATAGCCGCACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCCTCACCCATCTTAGCCGTTCGCCGCTGGAGCAAAATATCATTCAGCCGCTGGTGTTAAGTTTGCTGCATCTTTGCCGTAGCGTGGTGAATATGCCGCCGGGCAATTCGCAGCCGCGCGGCGATTTTCTCTATCACAGCATTTGTAACTGGGTTCAGGATAATTATGCCCAGCCGCTCACCCGCGAGAGCGTGGCGCAGTTTTTTAATATCACGCCCAATCATCTGTCAAAACTGTTTGCTCAGCATGGAACGATGCGTTTTATCGAGTATGTGCGTTGGGTGCGAATGGCGAAGGC > NC_000913/2501254‑2501842 | gCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCGCGGCGAATACGGCAATCTGCTGGAAGCAAAGCAGCAACGTTTGGTGGAAGGAGAAATGCTGTTTATTCCGGCGCGCGCGGCTAATTTACCGGTCAACAACAAACCGGTGATGCTGTTAAGCCTGGTGTTCGCTCCGACCTGGCTTGGGTTATCGTTTTACGATAGCCGCACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCTTCAccc < 1:494826/300‑1 (MQ=255) gTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCGCGGCGAATACGGCCATCTGCTGGAAGCAAAGCAGCAACGTTTGGTGGAAGGAGAAATGCTGTTTATTCCGGCGCGCGCGGCTAATTTACCGGTCAACAACAAACCGGTGATGCTGTTAAGCATGGTGTTCGCTCCGACCTGGCTTGGGTTATCGTTTTACGATAGCCGCACCACGTCGTTGTTGCATCTTGCTCGCCAGATCCAGCCTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCTTCACCCATc > 2:339235/1‑300 (MQ=255) tttATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCGCGGCGAATACGGCAATCTGCTGGAAGCAAAGCAGCAACGTTTGGTGGAAGTAGAAATGCTGTTTATTCCGGCGCGCGCGGCTAATTTACCGGTCAACAACAAACCGGTGATGCTGTTAAGCCTGGTGTTCGCTCCGACCTGGCTTGGGTTATCGTTTTACGATAGCCGCACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCTTCCCAGCCTGCAACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCTTCACCCATCt < 2:276037/300‑1 (MQ=255) tttATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCGCGGCGAATACGGCAATCTGCTGGAAGCAAAGCAGCAACGTTTGGTGGAAGGAGAAATGCTGTTTATTCCGGCGCGCGCGGCTAATTTACCGGTCAACAACAAACCGGTGATGCTGTTAAGCCTGGTGTTCGCTCCGACCTGGCTTGGGTTATCGTTTTACGATAGCCGCACCACGTCGTTGTTGCATCCTGCTCGCCAGATCCAGCNTCCCAGCCTGCCACGCGGTGAAGGTGAAGCGATGCTTACCGCCTTCANCCATCt > 2:820554/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |