| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATCTGCATAACGAGTCCATTTTTATTACCGGCGGCGGATCGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAGGCGCTCGGGC > NC_000913/2671232‑2671822 | aTCTGCATAACTAGTCCATTTTTATTACCGGCGGCGGATCGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCGGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCag < 1:153732/300‑1 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tGGTTAATACTCCCGCATAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTTGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAgg < 1:251221/300‑1 (MQ=255) tGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAgg < 1:190531/300‑1 (MQ=255) tGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAgg < 2:639511/300‑1 (MQ=255) ggTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAGgc > 1:168089/1‑300 (MQ=255) ggTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGACAGTGAAGGCAGCATGATTTTCAAACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGAGGTGGCACGCTGCACACCGCCAGTAAACCTGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGCACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTATGGTATGACCCGCGACCTGCAAGGCACACAggt > 2:166622/1‑299 (MQ=255) gTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCTGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACATTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAGgcg < 1:94916/300‑1 (MQ=255) 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ATCTGCATAACGAGTCCATTTTTATTACCGGCGGCGGATCGGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATGAACTGGCACCGAAAGTGCGGGTGAATGGCGTCGGCCCGTGTGGTATGGCCAGCGACCTGCGCGGCCCACAGGCGCTCGGGC > NC_000913/2671232‑2671822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |