| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3064081 = | 134 (1.100) | 23 (0.190) | 18/596 | 5.4 | 14.6% | coding (89/786 nt) | scpB | methylmalonyl‑CoA decarboxylase |
| ? | NC_000913 | 4507459 = | NA (NA) | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TGCGGCAACAACAATCGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCTCAACC > NC_000913/3063792‑3064376 | caacaaTCGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTATTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCt > 2:433746/1‑300 (MQ=255) aTCGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACNATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGc < 1:738373/300‑1 (MQ=255) aTCGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGc < 1:642759/300‑1 (MQ=255) cGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGANGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGNACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTGATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTCATGCAg > 2:688424/1‑300 (MQ=255) cGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAg < 1:917302/300‑1 (MQ=255) cGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACGTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTGATGCAg > 2:853607/1‑300 (MQ=255) ggAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCNGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTNTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGt > 2:788628/1‑300 (MQ=255) 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gCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTAcc < 1:810415/300‑1 (MQ=255) ccTTAAGTAAGGTCTTTATTAATGACCTTATGCAGGCGTTAATCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGGGGATCCAAAGTCTCCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCt < 2:217618/300‑1 (MQ=255) ccTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCt < 1:314367/300‑1 (MQ=255) aaGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCTCAAc < 1:414110/300‑1 (MQ=255) aGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGTTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCTCAAcc < 2:366161/300‑1 (MQ=255) aGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCTCAAcc < 1:251226/300‑1 (MQ=255) | TGCGGCAACAACAATCGGTGGAATGGCTGCGTAAGCAGACCGAAGAAGAAGTACTGAATCACCTGTTCGCGAATGAAGATTTCGATCGCTATTACCGCCAGACGCTTTTAGCGGTCAAAAACAATACGCTCTCACCGCGCACCGGCCTGCGGCAGCTCAGTGAATTTATCCAGACGCAATATTTTGATTAAAGGAATTTTTATGTCTTATCAGTATGTTAACGTTGTCACTATCAACAAAGTGGCGGTCATTGAGTTTAACTATGGCCGAAAACTTAATGCCTTAAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTCCGATCTGATCATCGCCGCCAGTACCTCAACC > NC_000913/3063792‑3064376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |