| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 656630 = | 82 (0.670) | 97 (0.790) | 68/598 | 0.5 | 54.2% | coding (74/561 nt) | pagP | Lipid A palmitoyltransferase |
| ? | NC_000913 | = 689045 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGCATTTTGTCATCAAAAAAGACTTGGTTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGATGACAACGTTTAGAGAAAATATTGCACAAACCTGGCAACAGCCTGAACATTATGATTTATATATTCCTGCCATCACCTGGCATGCACGTTTCGCTTACGACAAAGAAAAAACCGATCGCTATAACGAGCGACCGTGGGGTGGCGGTTTTGGCCTGTCGCGTTGGGATGAAAAAGGAAACTGGCATGGCCTGTATGCCATGGCATTTAAGGACTCGTGGAACAAATGGGAACCGATTGCCGGATACGGATGGGAAAGTACCTGGCGACCGCTGGCGGATGAAA > NC_000913/656332‑656929 | tGCATTTTGTCATCAAAAAAGACTTGGTTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCt < 2:482392/300‑1 (MQ=255) gCATTTTGTCATCAAAAAAGACTTGGTTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTCTGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGATATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTa > 1:328236/1‑300 (MQ=255) gccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACGc > 1:999344‑M1/294‑300 (MQ=255) cgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcatggacttgttcgcaccttccCTAACGCAGATg > 1:525269‑M1/289‑300 (MQ=255) 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TGCATTTTGTCATCAAAAAAGACTTGGTTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGATGACAACGTTTAGAGAAAATATTGCACAAACCTGGCAACAGCCTGAACATTATGATTTATATATTCCTGCCATCACCTGGCATGCACGTTTCGCTTACGACAAAGAAAAAACCGATCGCTATAACGAGCGACCGTGGGGTGGCGGTTTTGGCCTGTCGCGTTGGGATGAAAAAGGAAACTGGCATGGCCTGTATGCCATGGCATTTAAGGACTCGTGGAACAAATGGGAACCGATTGCCGGATACGGATGGGAAAGTACCTGGCGACCGCTGGCGGATGAAA > NC_000913/656332‑656929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |