Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 2,490,240 | 0 | G | T | 27.6% | 294.3 / 14.0 | 152 | intergenic (‑54/+16) | yfdV/oxc | putative transport protein YfdV/oxalyl‑CoA decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/55); new base T (0/42); total (55/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GGAGAAAAAGAAACATCCGACAATAACCACAAGTGATACAAGGGTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCG > NC_000913/2489941‑2490526 | ggAGAAAAAGAAACATCCGACAATAACCACAAGTGATACAAGGGTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAgagg < 1:21254/300‑1 (MQ=255) 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GGAGAAAAAGAAACATCCGACAATAACCACAAGTGATACAAGGGTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCACCATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCG > NC_000913/2489941‑2490526 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |