| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 4350509 | 76 (0.720) | 46 (0.440) | 39/596 | 1.8 | 37.7% | coding (1154/1632 nt) | dcuS | sensor histidine kinase DcuS |
| ? | NC_000913 | = 4499511 | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GGTGCGATCCCCGGTCCATCATCATTAACTTCACAGTGCAGCCAGCCGTGACGGTAGTGCAATGTTACGCTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGGCTGTTTTGAGAATGTAATCTTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGAGAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGATCGTTCACGAAGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGTCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTCAGTTTTGTCCCTGAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACGCCATTACTGCGCACCGGAACGGTGTTGATCAGTAATAGCCGGTCTTTAATCGTAATCTCTTCGTCGCGGCGCGGGGTAC > NC_000913/4350218‑4350806 | gttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagcgaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGCCAATCTCTTcc < 2:545703‑M1/13‑1 (MQ=255) 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aTCCCCGGTCCATCATCATTAACTTCACAGTGCAGCCAGCCGTGACGGTAGTGCAATGTTACGCTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCAAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAg > 2:652552/1‑300 (MQ=255) tCCCCGGTCCATCATCCTTAACTTCACCGTGCAGCCAGCCGTGACGGTAGTGCAATGTTACGCTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGTCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCCCTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTACATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAACAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGt > 1:455700/1‑300 (MQ=255) ccccGGTCCATCATCATTAACTTCACAGTGCAGCCAGCCGTGACGGTAGTGCAATGTTACGCTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTACAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGtt > 1:462155/1‑300 (MQ=255) 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gaTTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGGCTGTTTTGAGAATGTAATCCTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGAGAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGGTCGTTCACGAAGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGTCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTAAGTTTTGTCCATGAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACGCCATTACTGCGCACCGGAACGGTGTTGATCAGTAATAGCCGGTCtttccccgta > 2:90685/1‑293 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGGCTGTTTTGAGAATGTAATCTTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGAGAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGATCGTTCACGANGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGNCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTCAGTTTTGTCCCTTAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACGCCATTACTGCGCACCGGAACGGTGTTGATCAGTAATAGCCGGTCTTTAATCGTAAt > 2:560829‑M1/22‑300 (MQ=255) aTCTTACCCAGCAGAGAGCCAAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcaccgccgtgttcttcggttcaagtcccaacat > 1:558701‑M1/1‑22 (MQ=255) ttACCCAGCAGAGAGCCAAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcaccgccgtgtttttcggttcaagtccaaacatccg > 2:428664‑M1/1‑19 (MQ=255) gggccagtctaGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGGCTGTTTTGAGAATGTAATCTTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGAGAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGATCGTTCACGAAGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGTCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTCAGTTTTGTCCATGAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACGCCATTACTGAGCACCGGAACGGTGTCGATCAGTACTCGCCGGTCTTTAATCGTAATCTCCtcgtcg < 2:717107‑M1/289‑1 (MQ=255) gCCAATCTCTTCCTGGTAGTTATTGGCTGTTTTGAGAGTGTAATCTTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGATAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGATCGTTCACGAAGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGTCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTCAGTTTTGTCCCTGAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACACCATTACTGCGCACCGGAACGGTGTTGATCAGTAATAGCCGGTCTTTAATCGTAATCTCTTCGTCGCGGCGCGGGGt < 2:71193/300‑1 (MQ=255) | GGTGCGATCCCCGGTCCATCATCATTAACTTCACAGTGCAGCCAGCCGTGACGGTAGTGCAATGTTACGCTAATTTCGCCTCCGGGTTCCGGCCCTAATGCCTCCAGCGCGTTTTCTATCAGATTTCCCAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGGCTGTTTTGAGAATGTAATCTTCCAACTGCTTATAACTCTTCAGATGCAATAATCCGAGAATCACATGCAATTTATTCATAAATTCGTGGGATCGTTCACGAAGTGCGTCAGCATAGTTGACCAGACCGTCGAGTCGCTGCATCAGTTTACGTACTTCAGTTTTGTCCCTGAAGGTTGAAATGGCACCGATGATAACGCCATTACTGCGCACCGGAACGGTGTTGATCAGTAATAGCCGGTCTTTAATCGTAATCTCTTCGTCGCGGCGCGGGGTAC > NC_000913/4350218‑4350806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |