Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 2,926,292 | C→T | intergenic (+96/‑16) | queF → / → ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,926,292 | 0 | C | T | 95.6% | 399.8 / 3.9 | 113 | intergenic (+96/‑16) | queF/ppnN | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base T (65/43); total (68/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCGTTACCTGGTCTCATTCCGTCATCACAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCG > NC_000913/2925995‑2926579 | gcGTTACCTGGTCTCATTCCGTCATCACAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCa > 2:595679/1‑300 (MQ=255) 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gTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATAGTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCg < 1:575218/300‑1 (MQ=255) gggAATGACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCACAGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGaa > 1:276965/1‑300 (MQ=255) ggAATGACGATATTCGTCTAATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCCCCGCCAGCCGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTAGTTTTGAAAATTTCGATATTCACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTAATTAATCCACCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAat > 2:278554/1‑300 (MQ=255) aaTGACGATATTTGCCTCATAATGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAatta < 2:398327/300‑1 (MQ=255) gACGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTc > 1:424536/1‑300 (MQ=255) aCGATATTCGTCTCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTcg > 1:780446/1‑300 (MQ=255) | GCGTTACCTGGTCTCATTCCGTCATCACAACGAGTTCCACGAACAGTGCGTGGAACGCATCTTTAATGACCTGTTACGCTTCTGCCAGCCAGAAAAATTGAGCGTTTACGCACGTTATACCCGTCGTGGCGGTCTGGACATTAACCCGTGGCGCAGTAATAGCGATTTTGTCCCATCGACCACAAGACTGGTTCGGCAATAAATTTTTTCTCAATTTTGCGTGCTGGATTCACGCAGAAGGTTGTGAAAGGTCATCAGGCAGGGCTATTGTAATCAAAGGGAATGACGATATTCGTCCCATAAGGAGTTTTTCTTGATTACACATATTAGCCCGCTTGGCTCCATGGATATGTTGTCGCAGCTGGAAGTGGATATGCTTAAACGCACCGCCAGCAGCGACCTCTATCAACTGTTTCGCAACTGTTCACTTGCCGTACTGAACTCCGGTAGTTTGACCGATAACAGCAAAGAATTGCTGTCTCGTTTTGAAAATTTCGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCG > NC_000913/2925995‑2926579 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |