| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 509,517 | C→T | E621E (GAG→GAA) | copA ← | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 509,517 | 0 | C | T | 98.7% | 256.4 / ‑4.5 | 76 | E621E (GAG→GAA) | copA | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (37/38); total (37/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGAGGATCGCTCGTGCCAGCGGATGGCTGGAACCTTGCTCCAGTGCCGCCGCCAGACGCAATGCCTGCGCTTCATCAACATCAGCAAATGTTTTCACTGCGACAACCTGCGGCTTCCCTTCAGTCAGCGTCCCGG > NC_000913/509223‑509806 | gCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGc > 1:397409/1‑300 (MQ=255) cccACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGCt > 1:34325/1‑300 (MQ=255) gACGTCCTTCACGTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGTTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACATGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGCTTCGATAGCTTTGGTAc < 2:57936/300‑1 (MQ=255) gTCCTTCACTTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGNTCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCaa > 1:562235/1‑300 (MQ=255) 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catgctgtGCAGCGCCGCCACGCTATCGCTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCATTAATTTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGAGGATCGCTCGTGCCAGCgg < 2:114673/293‑1 (MQ=255) gTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGAGGATCGCTCGTGCCAGCGGATGGc < 2:324835/300‑1 (MQ=255) cgccgcCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATTTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGAGGATCGCTCGTGCCAGCGGATGGCTGGAAcc < 1:62275/300‑1 (MQ=255) 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GCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGATGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCGCTCACGCCCAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGAGGATCGCTCGTGCCAGCGGATGGCTGGAACCTTGCTCCAGTGCCGCCGCCAGACGCAATGCCTGCGCTTCATCAACATCAGCAAATGTTTTCACTGCGACAACCTGCGGCTTCCCTTCAGTCAGCGTCCCGG > NC_000913/509223‑509806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |