Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,360,965 | 0 | C | A | 28.8% | 274.8 / 25.4 | 139 | E324* (GAG→TAG) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCA > NC_000913/4360672‑4361263 | ttGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCAt < 1:632184/300‑1 (MQ=255) atatatAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCg > 2:493275/1‑300 (MQ=255) atatatAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCAAGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCATGCATTCg > 2:493266/1‑300 (MQ=255) ataATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTACTGCATTCGTtgt > 2:60538/1‑300 (MQ=255) 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TTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCA > NC_000913/4360672‑4361263 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |