New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3186096 = | NA (NA) | 12 (0.120) | 11/598 | 6.6 | 11.0% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | NC_000913 | = 4162510 | 97 (0.990) | coding (761/1101 nt) | trmA | tRNA m(5)U54 methyltransferase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTGCCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATATGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATCCAGCTCGATTTTGGTTTTCGTTGCCC > NC_000913/4162212‑4162807 | gtAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTGCCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATATGGTTAGc < 1:480591/300‑1 (MQ=255) 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aataatTTGTACGTTATCAATATGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCNACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATc < 2:583679/300‑1 (MQ=255) ataatTTGTACGTTATCAATATGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATcc < 2:377907/300‑1 (MQ=255) ataatTTGTACGTTATCAATATGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATcc < 1:89638/300‑1 (MQ=255) aatctGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATCCAGCTCGATTTTGGtttt > 1:783792/5‑300 (MQ=255) tAGCTGCGAGGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCTATTGCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTNTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATCCAGCTCGATTTTGGTTTTCGTTGccc < 2:182769/300‑1 (MQ=255) | GTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTGCCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATATGGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGACGTTCATCGATGTAATCCTGATCCAGCTCGATTTTGGTTTTCGTTGCCC > NC_000913/4162212‑4162807 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |