| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 34,120 | (T)9→8 | intergenic (+82/‑180) | carB → / → caiF | carbamoyl‑phosphate synthetase large subunit/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 34,120 | 0 | T | . | 97.0% | 682.4 / 10.5 | 134 | intergenic (+82/‑180) | carB/caiF | carbamoyl‑phosphate synthetase large subunit/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (77/53); total (80/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GTATCAAGAATGGCGAATATACCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGC > NC_000913/33827‑34416 | gTATCAAGAATGGCGAATATACCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTT‑GCCCAtt > 2:766267/1‑300 (MQ=255) gAATATACCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTg > 1:59550/1‑300 (MQ=255) aCCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGAACGTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAAt > 1:277906/1‑300 (MQ=255) tcatcaACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTGATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATAtt > 2:665423/1‑300 (MQ=255) 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tttttttGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCANAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAacac < 1:544512/300‑1 (MQ=255) tttttttGCACATTAAGTAAATCTTTTTGGGAATCGATATTTTTGATGACATAATCAGGATTTAGCTCACACTTATCGGCGGTGAATTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATTGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGTTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAacac < 2:34659/300‑1 (MQ=255) ttttGCCCACTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAAGTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGc < 2:350309/300‑1 (MQ=255) | GTATCAAGAATGGCGAATATACCTACATCATCAACACCACCTCAGGCCGTCGTGCGATTGAAGACTCCCGCGTGATTCGTCGCAGTGCGCTGCAATATAAAGTGCATTACGACACCACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGC > NC_000913/33827‑34416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |