| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 959465 | 88 (0.800) | 9 (0.080) | 8/598 | 8.4 | 9.3% | coding (654/1284 nt) | aroA | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCGAACTGGCGTGT > NC_000913/1467614‑1468205 | cGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGa < 1:710148/300‑1 (MQ=255) ggtGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAATGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCATTATTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCTGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGAt < 2:25925/298‑1 (MQ=255) gattgCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGAt < 2:95219/296‑1 (MQ=255) aTGGCAATGCCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGATAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTNTTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTNCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGAtt < 2:696421/300‑1 (MQ=255) tGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGAttt > 1:745032/1‑300 (MQ=255) gTTAAGATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGTAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTTGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTatat < 2:360067/300‑1 (MQ=255) aaTATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTc > 1:24488/1‑300 (MQ=255) 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gAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTCTTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCGAACTGGCgt > 1:443503/1‑300 (MQ=14) gAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCAATTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCGAACTGGCgt > 1:445705/1‑300 (MQ=14) aCCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCGAACTGGCgtgt > 1:106473/1‑300 (MQ=31) | CGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATATCTGAATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGTTCAAGTCCCAACATCCGGGCGAACTGGCGTGT > NC_000913/1467614‑1468205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |