| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4231665 = | 120 (1.090) | 9 (0.080) | 8/598 | 8.4 | 7.0% | intergenic (‑34/+219) | yjbD/lysC | DUF3811 domain‑containing protein YjbD/aspartate kinase III |
| ? | NC_000913 | 4498181 = | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CTGCCGCGCGTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTTACTCAAACAAATTACTATGCAGTTTTTGCACCACCTGCTCGGCATCTTCGCCGGGCACCAGGAAGCACAGGTTATGGCT > NC_000913/4231366‑4231964 | cTGCCGCGCGTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAgtgt < 1:701017/300‑1 (MQ=255) cacgcttCGACGTATTGGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGTTTTATAAGCCTGCTTTTTCGTCAACTGGCGGACTTTTTTCGCTTCAGCCTCACACTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACTGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACgg < 2:46958/294‑1 (MQ=255) gcgcgTCGACTTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTTGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACggg < 1:208752/300‑1 (MQ=255) gcgcgTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATTGCGCTTCAGGATCCGGTTTATGAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGTAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACggg < 2:228051/300‑1 (MQ=255) gcgcgTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCTATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGGGTACggg < 2:511081/300‑1 (MQ=255) gcgcgTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACggg < 1:21308/300‑1 (MQ=255) gcgcgTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACggg < 2:35720/300‑1 (MQ=255) 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ttATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAAc > 1:382487/1‑300 (MQ=255) ttATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTATTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAAc > 1:453643/1‑300 (MQ=255) gCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTAtctc < 1:474199/300‑1 (MQ=255) 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CTGCCGCGCGTCGACGTATTTGCTGACCAGCTAAATGACGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTTACTCAAACAAATTACTATGCAGTTTTTGCACCACCTGCTCGGCATCTTCGCCGGGCACCAGGAAGCACAGGTTATGGCT > NC_000913/4231366‑4231964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |