Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,304,579 | 4 bp→TCAA | coding (746‑749/909 nt) | oppC → | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,304,579 | 0 | A | T | 97.7% | 327.6 / ‑1.0 | 87 | coding (746/909 nt) | oppC | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (42/42); minor base . (0/2); total (42/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 1,304,580 | 0 | G | C | 97.7% | 333.2 / ‑5.1 | 87 | E249D (GAG→GAC) | oppC | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (42/43); total (42/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 1,304,581 | 0 | C | A | 96.5% | 279.4 / ‑2.3 | 87 | P250K (CCG→AAG) | oppC | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base A (41/43); total (42/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 1,304,582 | 0 | C | A | 98.9% | 287.4 / NA | 87 | P250K (CCG→AAG) | oppC | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (42/44); minor base G (0/1); total (42/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCC‑GTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAAGATCGTTAAGGAGTGCAGCCATGAGCGTAATTGAAACTGCAACTGTGCCGCTCGCACAACAACAGGCTGACGCACTGCTGAACGTGAAAGATTTGCGTGTCACCTTTAGTACCCCGGAC > NC_000913/1304295‑1304852 |||| tttGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGTCAA‑GTTAAGCAGCTg < 1:475409/300‑1 (MQ=255) 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gTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGTCAA‑GTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTAttgttg < 1:597445/300‑1 (MQ=255) ttCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGTCAA‑GTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTgttgtt > 1:651026/1‑300 (MQ=255) ctggctggATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGTCAA‑GTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTccc < 1:626464/300‑1 (MQ=255) 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