| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,732,723 | G→A | E175K (GAG→AAG) | xylG → | xylose ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,732,723 | 0 | G | A | 99.0% | 356.9 / NA | 98 | E175K (GAG→AAG) | xylG | xylose ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/56); minor base C (1/0); total (42/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATACCGAACGCAAAGGTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTGAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTACAACAGCACGGTATCGCCTGTATTTATATTTCGCACAAACTCAACGAAGTCAAAGCGATTTCCGATACGATTTGCGTTATTCGCGACGGACAGCACATTGGTACGCGTGATGCTGCCGGAATGAGTGAAGACGATATTATCACCATGATGGTCGGGCGAGAGTTAACCGCGCTTTACCCTAATGAACCACATACCACCGGAGATGAAATATTACGTATTGAACATCTGACGGCATGGCATCCGGTTAA > NC_000913/3732429‑3733012 | gATACCGAACGCAAAGGTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCANTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATTCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGTTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAg < 1:539217/300‑1 (MQ=255) aCGCAAAGGTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTc > 1:214397/1‑300 (MQ=255) aCGCAAAGGTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTAATTAACTAAGCAGGAAACGTc > 1:215271/1‑300 (MQ=255) ggTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGGCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGCACCGACAGCCTAATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTa > 2:667693/1‑300 (MQ=255) ttcatCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTc < 2:495792/300‑1 (MQ=255) ggaTTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTAACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGCGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGCTTTTACTGGATATTATTCGCGATCTa > 2:471080/3‑300 (MQ=255) gAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTa > 1:216962/1‑300 (MQ=255) tGGCCCTGTTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAAGAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTacaac < 2:478944/300‑1 (MQ=255) tGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGTTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTacaac < 2:334148/300‑1 (MQ=255) tGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTacaac < 1:460384/300‑1 (MQ=255) 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cTCATTAACTAAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTACAACAGCACGGTATCGCCTGTATTTATATTTCGCACAAACTCAACGAAGTCAAAGCGATTTCCGATACGATTTGCGTTATTCGCGACGGACAGCACATTGGTACGCGTGATGCTGCCGGAATGAGTGAAGACGATATTATCACCATGATGGTCGGGCGAGAGTTAACCGCGCTTTACCCTAATGAACCACATACCACCGGAGATGAAATATTACGTATTGAACATCTGACGGCATGGCATCCGGTTaa > 1:18364/1‑300 (MQ=255) | GATACCGAACGCAAAGGTATCGCCATCATTCATCAGGAATTGGCCCTGGTGAAAGAATTGACCGTGCTGGAAAATATCTTCCTGGGTAACGAAATAACCCACAATGGCATTATGGATTATGACCTGATGACGCTACGCTGTCAGAAGCTGCTCGCACAGGTCAGTTTATCCATTTCACCTGATACCCGCGTTGGCGATTTAGGGCTTGGGCAACAACAACTGGTTGAAATTGCCAAGGCACTTAATAAACAGGTGCGCTTGTTAATTCTCGATGAACCGACAGCCTCATTAACTGAGCAGGAAACGTCGATTTTACTGGATATTATTCGCGATCTACAACAGCACGGTATCGCCTGTATTTATATTTCGCACAAACTCAACGAAGTCAAAGCGATTTCCGATACGATTTGCGTTATTCGCGACGGACAGCACATTGGTACGCGTGATGCTGCCGGAATGAGTGAAGACGATATTATCACCATGATGGTCGGGCGAGAGTTAACCGCGCTTTACCCTAATGAACCACATACCACCGGAGATGAAATATTACGTATTGAACATCTGACGGCATGGCATCCGGTTAA > NC_000913/3732429‑3733012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |