Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,579,973 | 0 | C | A | 27.7% | 267.9 / 14.0 | 137 | G273V (GGA→GTA) | ydeM | putative anaerobic sulfatase maturation enzyme YdeM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/53); new base A (38/0); total (84/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACCATGGCGTTCATATAAGGTACCATGGTTGAAAAAAGGATTTTATAACCTTCGCAAAAATAAGAAACAGTCTCATTGTTTACTTTAGTAATACGATGCTTAGGACAACCGCCATTGCAGATAGGTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAA > NC_000913/1579677‑1580270 | gCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACCATGGCGTTCATATAAGGTACCATGGTTGAAACAAGGATTTTATAACCTTCGCAAAAATAAGAAACAGTCTCATTGTTTACTTTAGTAATACGATGCTTAGGACAACCGCCATTGCAGATAGGTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCAt > 2:60560/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |