| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 275149 | NA (NA) | 12 (0.120) | 11/598 | 6.3 | 9.6% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 569145 = | 113 (1.160) | coding (244/1527 nt) | ybcK | putative recombinase YbcK | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGCTCTCCTTAGA > NC_000913/568846‑569443 | cAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGt < 1:106804/300‑1 (MQ=255) 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ccacTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATGGCATATATGCGATTTTCATCAACAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa > 1:439436/1‑300 (MQ=255) ccacTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa > 1:428549/1‑300 (MQ=255) cacTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAc < 2:41994/300‑1 (MQ=255) 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gAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTNTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAANGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCCTGTCCGAGATGGc > 2:607926/1‑300 (MQ=255) aCATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGCTCTcc > 1:285418/1‑300 (MQ=255) gTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCTAGATGGCTCTCCTTAGa < 1:212100/300‑1 (MQ=255) | CAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGCTCTCCTTAGA > NC_000913/568846‑569443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |