| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,465,502 | G→A | E141K (GAG→AAG) | gspM → | Type II secretion system protein GspM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,465,502 | 0 | G | A | 99.2% | 471.8 / NA | 131 | E141K (GAG→AAG) | gspM | Type II secretion system protein GspM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (76/54); total (77/54) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GAGCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGATGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTCCCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAACGAAGAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCACTCTTTCTCTATTTCTG > NC_000913/3465208‑3465796 | gagCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGCTGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTACCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAACGAAAAGATc > 1:80660/1‑300 (MQ=255) 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GAGCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGATGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTCCCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAACGAAGAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCACTCTTTCTCTATTTCTG > NC_000913/3465208‑3465796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |