| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,003,511 | G→A | G25S (GGC→AGC) | ycbV → | putative fimbrial protein YcbV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,003,511 | 0 | G | A | 99.1% | 383.9 / NA | 109 | G25S (GGC→AGC) | ycbV | putative fimbrial protein YcbV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (59/49); minor base C (0/1); total (59/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATT > NC_000913/1003216‑1003806 | acaGGCNGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGNAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGTCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATAGCAc < 2:778399/300‑1 (MQ=255)acaGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATAGCAc < 1:204444/300‑1 (MQ=255)acaGGCGGAAGCGGTGGGATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATAGCAc < 1:867086/300‑1 (MQ=255) ggCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACATTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGCTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTATTATTGGGATTAACGCGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATAGCACGGt > 2:128301/1‑300 (MQ=255) 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gCCCATGATAGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAg > 2:32753/1‑300 (MQ=255) atgataGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGAACAGGATAGCAAGCAAATCAATGCGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGACCAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGAAGAGTAAAACGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGaggagag > 2:81702/1‑294 (MQ=255) tgataGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTNGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATNGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATATGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGACGATAtt > 2:661854/1‑300 (MQ=255) tgataGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGatgtt > 1:167180/1‑297 (MQ=255) tgataGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATAtt > 1:168419/1‑300 (MQ=255) tgataGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATAtt > 2:22656/1‑300 (MQ=255) | ACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGA‑TGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATT > NC_000913/1003216‑1003806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |