| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 129,640 | C→T | V541M (GTG→ATG) | yacH ← | DUF3300 domain‑containing protein YacH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 129,640 | 0 | C | T | 97.8% | 289.5 / NA | 90 | V541M (GTG→ATG) | yacH | DUF3300 domain‑containing protein YacH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (35/53); total (35/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAACATCCGGCAATTAAAAAAGCGGCTAACCACGCCGCTTTTTTTACGTCTGCAATTTACCTTTCCAGTCTTCTTGCTCCACGTTCAGAGAGACGTTCGCATACTGCTGACCGTTGCTCGTTATTCAGCCTGACAGTATGGTTACTGTCGTTTAGACGTTGTGGGCGGCTCTCCTGAACTTTCTCCCGAAAAACCTGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACACCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGCGAACCGCCTGGCGCTGCTCAGGCGAGGCGGACTGAATGCGCTCACGCGCTGCCTCTCTTCGCTGCTGGATCTTCGGGTTAGTCTGCATTCTCTCGCGAACTGCCTGGCGCTGCTCAGGCGAGGCGGACTGATAACGCTGACGAGCGGCGTCCTTTTGTTGCTGGGTCAGTGGTTGGCGACGGCTGAAGTCGTGGAAGT > NC_000913/129350‑129927 | ggAACATCCGGCAATTAAAAAAGCGGCTAACCACGCCGCTTTTTTTACGTCTGCAATTTACCTTTCCAGTCTTCTTGCTCCACGTTCAGAGAGACGTTCGCATACTGCTGACCGTTGCTCGTTATTCAGCCTGACAGTATGGTTACTGTCGTTTAGACGTTGTGGGCGGCTCTCCTGAACTTTCTCACGAAAAACCTGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCAAGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACATCTGGCgctg > 2:289577/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |