| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 408,799 | C→T | intergenic (+338/‑148) | ppnP → / → ykiD | nucleoside phosphorylase PpnP/protein YkiD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 408,799 | 0 | C | T | 99.3% | 483.6 / NA | 140 | intergenic (+338/‑148) | ppnP/ykiD | nucleoside phosphorylase PpnP/protein YkiD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (66/73); minor base G (0/1); total (66/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTTTCGCTGTTACGTGATTTAGTGAAAACCGGGGCAACGCGGAAAATTCGCAGTGAAGCGCGTCACCGGCTTGAGGAAAAACAATGACACAACGTCCATGGAGCAAGTTACAGCGTAAAACGCATAATATTGCTGCGCTAAAAATTATTGCTCGCCGTAGCGAATAATTATATGCCTGGTGTGGCTTCGTACGCCGGATAAGACGCGGCAGGCGTCGCAT > NC_000913/408503‑409083 | tatCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGTCGa < 1:799368/300‑1 (MQ=255) 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ttAATAATCCACAGCTGGCTGTCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTTTCGCTGTTACGTGATTTAGTGAAAACCGGGGCAACGCGGAAAATTCGCAGTGAAGCGCGTCACCGGCTTGAGGAAAAACAATGACACAACGTCCATGGAGCAAGTTACAGCGTAAAACGCATAATATTGCTGCGCTAAAAATTATTGCTCGCCGTAGCGAATAATTATATGCCTGGTGTGGCTTAGTACGCCGGCTAAGACGCGGCAGGCg > 2:152237/1‑300 (MQ=255) aatCCACAGCTGGCTGTCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTTTCGCTGTTACGTGATTTAGTGAAAACCGGGGCAACGCGGAAAATTCGCAGTGAAGCGCGTCACCGGCTTGAGGAAAAACAATGACACAACGTCCATGGAGCAAGTTACAGCGTAAAACGCATAATATTGCTGCGCTAAAAATTATTGCTCGCCGTAGCGAATAATTATATGCCTGGTGTGGCTTCGTACGCCGGATAAGACGCGGCAGGCGTCGCa < 1:965935/300‑1 (MQ=255) atCCACAGCTGGCTGTCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTTTCGCTGTTACGTGATTTAGTGAAAACCGGGGCAACGCGGAAAATTCGCAGTGAAGCGCGTCAACGGCTTGAGGAAAAACAATGACACAACGTCCATGGAGCAAGTTACAGCGTAAAACGCATAATATTGCTGCGCTAAAAATTATTGCTCGCCGTAGCGAATAATTATATGCCTGGTGTGGCTTCGTACGCCGGATAAGGCGCGGCAGGCGTCGCAt > 2:496100/1‑300 (MQ=255) | TATCCTTTCTTTAGCCCATAATAATATTTCCTTTGCTGCGATTTTTTCAATTTCCGATATATTCATAATTTATCAAGGTTGATATAAATATCAGTGAAGATCTCCAGATATTGTTGCGGAACTGGCTACGATAAAAGATAAATCAGATGATGAATGGTGGCGTGCATTGCTGCAAAGTCGCAATGATCATTTACGCCAAACGGCATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCCATCATTACTCTTATTTGTCGAACAACCCGATCTTTCGCTGTTACGTGATTTAGTGAAAACCGGGGCAACGCGGAAAATTCGCAGTGAAGCGCGTCACCGGCTTGAGGAAAAACAATGACACAACGTCCATGGAGCAAGTTACAGCGTAAAACGCATAATATTGCTGCGCTAAAAATTATTGCTCGCCGTAGCGAATAATTATATGCCTGGTGTGGCTTCGTACGCCGGATAAGACGCGGCAGGCGTCGCAT > NC_000913/408503‑409083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |