| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,143,377 | C→T | S283L (TCA→TTA) | frwC → | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,143,377 | 0 | C | T | 97.6% | 284.9 / NA | 82 | S283L (TCA→TTA) | frwC | putative PTS enzyme IIC component FrwC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/34); minor base G (0/2); total (46/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATA > NC_000913/4143082‑4143672 | ggTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTAATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGtt > 2:351773/1‑300 (MQ=255) gTCTGATGCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATNTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGCTTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGTGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGttt > 2:241758/1‑300 (MQ=255) gCTGGCGTTCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGc < 2:532505/300‑1 (MQ=255) tCGATATGGGCGGTCCGGTTAACAAAGTGGCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGTCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTg < 2:329860/300‑1 (MQ=255) 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ggCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTGAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGc < 1:421618/300‑1 (MQ=255) gCCTATGCCTTCATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCa > 1:323477/1‑300 (MQ=255) gCCTATGCCTTAATGCTGATTTGCGTTGCTCAGGGTGTTTATACCGTGGTGGCCATCGCTGCCGTGGGTATTTGTATCCCGCCGCTGGGGATGGGGCTGGCGACGCTGATTGGTCGTAAAAATTTCTCCGCAGAAGAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTTAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCa > 1:324436/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |