Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,092,703 | A→G | F41L (TTC→CTC) | frvA ← | putative PTS enzyme IIA component FrvA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,092,703 | 0 | A | G | 99.0% | 376.3 / NA | 100 | F41L (TTC→CTC) | frvA | putative PTS enzyme IIA component FrvA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (55/44); total (56/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCTGGTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTT > NC_000913/4092410‑4092994 | cACCTGGTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGgtg < 1:188179/300‑1 (MQ=255) ggTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGt < 2:863065/300‑1 (MQ=255) ttCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTTTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTGTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGTGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTc < 1:364355/299‑1 (MQ=255) gTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTNCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGANGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTg > 2:686781/1‑300 (MQ=255) gTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCCGGAGCTGGTGTGAGTCGGTg > 2:561870/1‑300 (MQ=255) gTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTg > 1:509809/1‑300 (MQ=255) gCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATCGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGGACTGGTGTGAGTCGGTGACaaa > 2:396950/1‑300 (MQ=255) cccTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGNATTTTTTCGCGCAACAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATaaaa > 2:699613/1‑300 (MQ=255) cTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGGGATaaaaac > 2:91497/1‑298 (MQ=255) cTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATACAGTAGAGTGCATTTTTTCTAGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCCGGTGTGAGTCGGTGAGAAAAcc > 2:395715/1‑300 (MQ=255) 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caGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCANTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAgc > 1:680210/1‑300 (MQ=255) aGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCTGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCATTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAgcg < 2:182987/300‑1 (MQ=255) aGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAgcg < 1:333459/300‑1 (MQ=255) 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tttGCAGTAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAANATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGANCGATTAAGTGAGGAGAGGCGATATTTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGt < 2:659607/300‑1 (MQ=255) ttggCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGt < 1:515020/297‑1 (MQ=255) ttGCAGGAGCTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGtt > 2:456269/1‑300 (MQ=255) | CACCTGGTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTT > NC_000913/4092410‑4092994 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |