Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,013,387 | C→T | A112V (GCA→GTA) | metE → | cobalamin‑independent homocysteine transmethylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,013,387 | 0 | C | T | 98.9% | 333.9 / NA | 93 | A112V (GCA→GTA) | metE | cobalamin‑independent homocysteine transmethylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (44/48); minor base G (0/1); total (44/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCTGCGTCGCGAGCTGAAAAAAGCGCAAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGCAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCACTACATGGTGCCGGAGTTCGTTAAAGGCCAACAGTTCAAACTGACCTGGACGCAGCTGCTGGACGAAGTGGACGAGGCGCTGGCGCTGGGCCACAAGGTGAAACCTGTGCTGCTGGGGCCGGTTACCTGGCTGTGGCTGGGGAAAGTGAAAGGTGAACAATTTGACCGCCTGAGCCTGCTGAACGACATTCTGCCGGTTTATCAGCAAGTGCTGGCAGAACTGGCGAAACGCGGCATCGAGTGGGTACAGATTGAT > NC_000913/4013092‑4013679 | ggCCTGCGTCGCGAGCTGAAAAAAGCGCAAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCg > 2:1861/1‑300 (MQ=255) ggCCTGCGTCGCGAGCTGAAAAAAGCGCAAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCg > 1:514792/1‑300 (MQ=255) tGCGTCGCGAGCTGAAAAAAGCGCAAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCGGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGaaa < 2:337985/300‑1 (MQ=255) gAGCTGAAAAAAGCGCGAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTGGATATCGACACCCTGTTCCGTATCGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGATAGCGGAAATGACCaaa > 2:99016/1‑300 (MQ=255) aGCGCAAGAAAGTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAacac < 1:315578/300‑1 (MQ=255) aattATTGTGCGTGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACGAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGAGCATGTACCGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCAc < 2:296735/298‑1 (MQ=255) gTTATTGGGCGGGGAACTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCaat > 1:12104/1‑298 (MQ=255) 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aaCTCCACGCTTGAAGAACTGCTGGCGTTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGGCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGGGATTTTGCCTNGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGTTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCACTACATGGTGCCGGAg < 1:676140/300‑1 (MQ=255) aaCTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTNCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTACCGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCACTACATGGTGCCGGAg < 2:835743/300‑1 (MQ=255) aaCTCCACGCGTGAAGAACTGCTGGCGGTAGGGCGTGAATTGCGTGCTCGTCACTGGGATCAACAAAAGCAAGCGGGTATCGACCTGCTGCCGGTGGGCGATTTTGCCTGGTACGATCATGTACTGACCACCAGTCTGCTGCTGGGTAACGTTCCGGCGCGTCATCAGAACAAAGATGGTTCGGTAGATATCGACACCCTGTTCCGTATTGGTCGTGGACGTGCGCCGACTGGCGAACCTGCGGCGGTAGCGGAAATGACCAAATGGTTTAACACCAACTATCACTACATGGTGCCGGAg < 1:456232/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |