Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 167,400 | C→T | intergenic (+136/‑84) | mrcB → / → fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 167,400 | 0 | C | T | 98.5% | 484.7 / NA | 136 | intergenic (+136/‑84) | mrcB/fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (69/65); total (71/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTGCCAGCAGAGCGAGATGCAGCAGCAGCCGTCAGGCAATCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTATCACCGTTACCGCTGCACCTGCGCCGCAAGAAAGCGCATGGGGGCCTGCTGCAACTATTGCGGCGCGACAGTCTGCTACCG > NC_000913/167108‑167688 | gtgCCAGCAGAGCGAGATGCAGCAGCAGCCGTCAGGCAATCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCTACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGTTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGCCAGc < 2:453736/300‑1 (MQ=255) 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cTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTATNACAGTTACCGCTGAACCTGCGCATCAAGAAAGCGAATGGGGGACCGCTGAAACt > 2:707560/1‑300 (MQ=255) cTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTATCACCGTTACCGCTGCACCTGCGCCGCAAGAAAGCGCATGGGGGCCTGCTGCAACt > 1:317208/1‑300 (MQ=255) cTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGACAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACCGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGGCCCTATCACCGCTACCGCTGCACCTGCGCCGCAAGAAAGCGAATGGGGGCATGTTGCAACt > 2:260968/1‑300 (MQ=255) cTTCAGGAACGCTCAGATTGCGCACCGCTTGCGAACTCGACAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCCCAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTACCACCGTTACCGCTGCCCCTTCGCCGCAAGAAAGCGCATGGGGGCCTGCTGCAACt > 1:866739/1‑300 (MQ=255) aGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTATCACCGTTACCGCTGCACCTGCGCCGCAAGAAAGCGCATGGGGGCCTGCTGCAACTATTg < 1:909284/300‑1 (MQ=255) gATTGCGTACCGCTTGCGAACTCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTCTCGTTTACGTTATCATTCACTTTACATCAGAGATATACCAATGGCGCGTTCCAAAACTGCTCAGCCAAAACACTCACTGCGTAAAATCGCAGTTGTAGTAGCCACAGCGGTTAGCGGCATGTCTGTTTATGCACAGGCAGCGGTTGAACCGAAAGAAGACACTATCACCGTTACCGCTGCACCTGCGCCGCAAGAAAGCGCATGGGGGCCTGCTGCAACTATTGCGGCGCGACAg > 1:857710/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |