| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,023,126 | C→T | I78I (ATC→ATT) | fliR → | flagellar biosynthesis protein FliR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,023,126 | 0 | C | T | 98.7% | 261.6 / NA | 75 | I78I (ATC→ATT) | fliR | flagellar biosynthesis protein FliR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/41); minor base G (0/1); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATCCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTCGATCCGGCCAGCCATCTTAATATGCCCGTTTTAGCGCGTATCATGGATATGCTGGCGTTACTGCTGTTCCTGACATTTAACGGTCATTTATGGTTGATTTCACTGCTGGTCGATACCTTTCACACCCTGCCGATTGGTGGCGAACCGTTGAACAGCAATGCGTTTCTGGCACTCACCAAAGC > NC_000913/2022832‑2023416 | ttGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTTCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGAt > 1:225315/1‑300 (MQ=255) ggATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCa > 1:227753/1‑300 (MQ=255) cGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGTTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTgcgc < 2:270822/300‑1 (MQ=255) cGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGTTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGGAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTgcgc < 1:618831/300‑1 (MQ=255) cGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTgcgc < 1:920624/300‑1 (MQ=255) cGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTAATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTgcgc < 2:508510/300‑1 (MQ=255) gCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGt < 1:242408/300‑1 (MQ=255) 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ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCGGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGa < 1:178825/300‑1 (MQ=255) tAGCCGTACTATGTTGCAGTTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAAc < 2:522862/300‑1 (MQ=255) aGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAAcc < 1:291708/300‑1 (MQ=255) 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gAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATg < 2:556691/300‑1 (MQ=255) aaCAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATgg > 2:98674/1‑300 (MQ=255) aTCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCAtt > 2:856159/1‑300 (MQ=255) ggTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGa > 1:119683/1‑300 (MQ=255) cTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTc > 1:95169/1‑300 (MQ=255) ccGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTCGATCCGgccagc > 1:275054/1‑300 (MQ=255) gcgTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTCGATCCGGCCAGCCATCTTaaga < 1:169808/300‑3 (MQ=255) tGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTCGATCCGGCCAGCCATCTTAATATGc > 1:390360/1‑300 (MQ=255) gCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTTGCTGGCCGTGCAGCAGATTCTGATCGGCATTGCGCTTGGTTTTACCATGCAATTTGCCTTTGCCGCTGTGCGAACCGCTGGCGAAATTATCGGTCTGCAAATGGGGCTGTCATTTGCGACGTTTGTCGATCCGGCCAGCCATCTTAATATGcc < 2:615458/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |