| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,711,083 | C→T | L86L (CTG→TTG) | rsxE → | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,711,083 | 0 | C | T | 96.6% | 281.9 / ‑6.4 | 88 | L86L (CTG→TTG) | rsxE | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (40/45); minor base G (3/0); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGCTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGCCGCGCTGAAGCCTTCGCCGCCAAAAAA‑GGTCCGGCGCTTTCGGCACTGGACGGCTTTTCAATTGGTATGGGCGCAACCTGCGCCATGTTCGTGCTGGGTTCACTACGCGAAATTATCGGCAATGGCACATTGTTTGACGGTGCAGATGCGCTGTTAGGTAGCTGGGCAAAAGTATTACGCGTGGAGATTTTCCACACCGACTCCCCT > NC_000913/1710788‑1711373 | tgCACAACTTGCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCATGATCGAAATTAAAGACGTTATTGGGCAGGAGTTGTGGAAAAACAGCTCCGCGCTGGTCCAGTTGCTCTGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCCGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTTACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGAt < 2:400128/299‑1 (MQ=255)ggCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGAt < 1:37932/300‑1 (MQ=255) gCACAACCTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAGAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATc < 1:313294/300‑1 (MQ=255) tcAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCATGAGCGAAATGAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATGAACATTTACTTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAacgcctacgc < 2:4177/300‑1 (MQ=255) tgtgGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTat < 1:498285/300‑1 (MQ=255) agaATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGTTTTAGGACTTTCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTatcaatc < 2:439324/300‑1 (MQ=255) gaATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTNGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTatcaatca > 2:716329/1‑300 (MQ=255) 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aaaaaCGACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGGACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCTGAGATCCGCATTCCCATTGACTTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGc < 2:551859/300‑1 (MQ=255) aaaaaCAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACTTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGc < 1:965974/300‑1 (MQ=255) aaaaaCAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGc < 1:290941/300‑1 (MQ=255) aaaaaCAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGc < 2:919457/300‑1 (MQ=255) aaaaaCAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCATCGGTGGTCAGCGCTGTACCGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCTTGTATCAATCATTAGGGGTTTTTATTCAGCTGATTGTCAATAACTGTATTGTTGTGGGc > 2:513442/1‑300 (MQ=255) aaaaaCAACTCTGCGCTAGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTTGCGGCCACGTCCACTGCTACTAACGCTCGGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCGAACCAACCTTACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCTAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGc < 2:378337/300‑1 (MQ=255) caacTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCAcctgtctcttatacacatctcgcag < 1:300373/300‑25 (MQ=255) caacTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGCCgcgc < 1:60984/300‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGTTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGCCGCGCTGAAGc < 1:564317/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |