| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,590,339 | G→A | intergenic (‑338/+515) | ydeT ← / ← hipA | fimbrial usher domain‑containing protein YdeT/serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,590,339 | 0 | G | A | 99.4% | 622.1 / NA | 170 | intergenic (‑338/+515) | ydeT/hipA | fimbrial usher domain‑containing protein YdeT/serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (74/95); minor base C (1/0); total (75/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GAATAGCGATATCCTGCGACCTGGATATTGGTTCCACAACAAGTTTATTGCTGCACTTGTTGAAGAGAGTATTTGCAAAAACATTTTATGTCGCTAAATAACATGACGATTTCATTATGCATGTTATTTATAAACCGTGACTAAACAGAATATTATTGCGAACAAGGGAAGTGTCAGGAAAGGTCAAGAGCTACCAATGGTTAATATGGCTATAAATCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTTATTAAAGCTGTCCGACAGACTTTCTTAACCTGGTAATATCTCTCTTGGGTGACTCTCCAAACATCCGCGAATATTCCCGACTGAAATGGGATAGCTTTCGTAACCGACAGCATAGGCTGCTGTGGTGACATCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCA > NC_000913/1590045‑1590631 | gAATAGCGATATCCTGCGACCTGGATATTGGTTCCACAACAAGTTTATTGCTGCACTTGTTGAAGAGAGTATTTGCAAAAACATTTTATGTCGCTAAATAACATGACGATTTCATTATGCATGTTATTTATAAACCGTGACTAAACAGAATATTATTGCGAACAAGGGAAGTGTCAGGAAAGGTCAAGAGCTACCAATGGTTAATATGGCTATAAATCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGCAACTAACACCGAATTGCTCTAACCAGATAAGTGCAGGGTTTATTAAAACTGTc > 2:733157/1‑300 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |