| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,588,678 | G→A | N54N (AAC→AAT) | ydeS ← | putative fimbrial protein YdeS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,588,678 | 0 | G | A | 99.3% | 516.2 / NA | 145 | N54N (AAC→AAT) | ydeS | putative fimbrial protein YdeS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (70/73); total (71/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
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ttGTCTGGCACTATTTTTTTGGAGATCTACGGTAAAATTAAGCGAATCCGATGAGACTGTGCAGCCATAATCGAGGACGCGCCCGCTAATTTTAATAACGCTATCTGCGGATAAAGCAGAATAGGTGGTTAACCCCAGACATAAACCGAGGAAAATAATGTTATTGTATTTCATAATCTATTGTTCCTTAGCGACAGATTGCTGTCTGCTGGTTCAGTAAGGTACCAGGAGAAACTTCAGGAAGCTTGTACTCGACAATACAGTTTGAGTTTTTATCTTTGCCCCATGAAACCTGTAAtt < 1:161633/300‑1 (MQ=255) ttGTCTGGCACTATTTTTTTGGAGATCTACGGTAAAATTAAGCGAATCCGATGAGACGGTGCAGCCATAATCGAGGACGCGCCCGCTAATTTTAATAACGCTATCTGCGGATAAAGCAGAATAGGTGGTTAACCCCAGACATAAACCGAGGAAAATAATGTTATTGTATTTCATAATCTATTGTTCCTTAGCGACAGATTGCTGTCTGCTGGTTCAGTAAGGTACCAGGAGAAACTTCAGGAAGCTTGTACTCGACAATACAGTTTGAGTTTTTATCTTTGCCCCATGAAACCTGTAAtt < 1:817947/300‑1 (MQ=255) gTCTGGCACTATTTTTTTGGAGATCTACGGTAAAATTAAGCGAATCCGATGAGACTGTGCAGCCATAATCGAGGACGCGCCCGCTAATTTTAATAACGCTATCTGCGGATAAAGCAGAATAGGTGGTTAACCCCAGACATAAACCGAGGAAAATAATGTTATTGTATTTCATAATCTATTGTTCCTTAGCGACAGATTGCTGTCTGCTGGTTCAGTAAGGTACCAGGAGAAACTTCAGGAAGCTTGTACTCGACAATACAGTTTGAGTTTTTCTCTTTGCCCAATGAAACCTGTAATTGc > 2:323925/1‑300 (MQ=255) 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CGAGCGGAGTAAGGCAAAATATTGTTCTGTTCTGGTACCAGTGGGATCCACTGCATCCCGGCATGAAGATCATTCAGTTTCACCGGACGCATATTTGCGTCCAATATTTCTATACCCAAACCGGAGGCCGTATTGCTTCCTTCATCCAGTTTCAACAAAGTATTATTTTCTGCATCCTCAATACCGTTAAATGCAACCCGAACCCCCGTTGTCCCTTTGCTGCATTCACTTAACGTAATCTGAAAAGGGACGGCTGGACTTGTGCTACCGGTCGTTGGAAATTGTCTGGCACTGTTTTTTTGGAGATCTACGGTAAAATTAAGCGAATCCGATGAGACTGTGCAGCCATAATCGAGGACGCGCCCGCTAATTTTAATAACGCTATCTGCGGATAAAGCAGAATAGGTGGTTAACCCCAGACATAAACCGAGGAAAATAATGTTATTGTATTTCATAATCTATTGTTCCTTAGCGACAGATTGCTGTCTGCTGGTTCAGTAAGGTACCAGGAGAAACTTCAGGAAGCTTGTACTCGACAATACAGTTTGAGTTTTTATCTTTGCCCCATGAAACCTGTAATTGCCCTGAC > NC_000913/1588385‑1588973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |