| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,513,927 | C→T | L33L (CTG→TTG) | ydcU → | putative ABC transporter membrane subunit YdcU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,513,927 | 0 | C | T | 99.0% | 342.5 / NA | 96 | L33L (CTG→TTG) | ydcU | putative ABC transporter membrane subunit YdcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (44/50); total (44/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCC > NC_000913/1513633‑1514222 | gCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCtt < 2:583315/300‑1 (MQ=255) aTGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGcc < 1:239553/300‑1 (MQ=255) tGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTCGTTTTTACTGTTGCTTGGccc > 2:129350/1‑300 (MQ=255) gATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGCCCGCTAAt > 1:54207/1‑300 (MQ=255) gATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTAAACTGAAACTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCATGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCAGATGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCAAGTCCAGGCCTGGGTAGGGTGTCAGGTTTCTTCTGGAATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGCCCGcccat > 2:320422/1‑296 (MQ=255) aTCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGGTGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTACGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTCCTGTTGCTTGGCCCGCTAAtg > 2:51989/1‑300 (MQ=255) aTCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGCCCGCTAAtg > 1:39216/1‑300 (MQ=255) 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ggCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTc < 1:235188/300‑1 (MQ=255) cagccaCTCGTCTTGACCTGAAATTGAACGTCGGTGCCCAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCNCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGANGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTGTACTGTTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCt > 2:637194/6‑300 (MQ=255) tttGAACTAAAATTGAACTGCGGTGAAAAGCTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACATGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGTACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGTTTGAGGAGAGGTGAATGTCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTGTTTTTACTGTTGCTTGGCCCGCTAGTGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGaca < 2:42176/300‑1 (MQ=255) 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GCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGCGCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCC > NC_000913/1513633‑1514222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |